テゲテゲさん
オンプレ仲間ですね。

書き出し方法は、どうされていますか?

個人設定からの書き出しであれば
『添付ファイルを削除したメール』を書き出す事はできないと
マニュアルに記載があります。
https://jp.cybozu.help/of10/ja/user/app/ml/plus/mbox.html#user_app_ml_plus_mbox_02

オンプレであれば、サーバ上でもできる様です。
私はやった事は、ありませんがサーバ上で『メールデータの退避』がありました。
https://jp.cybozu.help/of10/ja/admin/app/ml/evacuate.html

退避後、Office10上で表示されなくなると記載がありますので、
ある程度サーバの知識などを持ってないと、厳しいと思います。

添付ファイルを削除しているメールが少なければ、
1メール毎に、転送やファイル出力で対応してはいかがでしょうか?

メールの書き出しは、やった事がない為
上記回答となります。