当社では仮払金管理アプリを似たような形で運用していたので
イメージを添付しておきます。

付与も利用も同じアプリで運用する際の注意点は
普通に作ってしまうと、
社員が「利用のマイナス」だけでなく「付与のプラス」もできてしまうことです。
（登録者情報は記録されるのでチェックはできますが、面倒です）

なので当社では「付与」と「利用」はアプリとしては分けて
残高表示は別で（当社の場合はBI）で見せるものが大半になりました。
（他にも理由はいくつかありますが・・・）

とはいえ、アプリだけで運用したい、せざるを得ない、こともあるかと思います。
ポイントを記載したのでご参考まで・・・

①項目については「利用」と「付与」を分ける。
　付与については誰でも入力できないよう管理部署（総務？）のみに設定する
　https://jp.cybozu.help/of10/ja/user/app/ap_b/b05/item.html#user_app_ap_b_b05_item_01

　・利用額　　 　（入力タイプ：数値）→アクセス権：全員
　・付与額　　 　（入力タイプ：数値）→アクセス権：総務のみ

②残高表示をさせるために、
　①で作った項目の自動計算の項目を新しい項目として作っておく
　https://jp.cybozu.help/of10/ja/user/app/ap_b/b20/calc.html

　・付与額-利用額（入力タイプ：自動計算）

③②の項目を対象として集計を作る
　https://jp.cybozu.help/of10/ja/user/app/ap_b/b08/add.html

④なお、付与については一件一件登録するのは大変なので、
　定期的に（年度ごと・半期ごと？）
　総務がCSVファイルで一括登録する形がおすすめです。
　https://jp.cybozu.help/of10/ja/user/app/ap_a/a03/csv.html#user_app_ap_a_a03_csv_011

実際に予算管理を
カスタムアプリ上で実施していませんが、
在庫管理アプリや勤怠管理アプリと同じようなイメージで
予算管理は可能かと・・・。

管理者側で各社員に予算付与する際、
プラスの数値で付与金額を入力したレコード登録し、
社員が利用する際、利用額をマイナスの数値で登録することで、
各社員の残高を算出可能です。

申請部分は設定してませんが、
最低限必要と思われる項目で簡単に作成してみたので
イメージの画像も一緒に添付しておきます。